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马云教授团队联合西北农林科技大学澳门威尼斯人赌场
雷初朝教授/陈宁博副教授团队在Nature子刊《Scientific Data》（IF=6.9，5年IF=8.7）发表题为“Genome assembly and structural variations of Guyuan cattle”的研究论文。已毕业博士研究生刘爽（宁夏大学/宁夏师范大学）、硕士研究生阎卉萱（西北农林科技大学）、博士研究生刘源（宁夏大学）为本文共同第一作者。
宁夏固原六盘山地区沟壑纵横，传统养牛业依赖“能爬山、耐粗饲、耐粗饲”的本地黄牛。研究团队在分析国际参考基因组ARS-UCD1.2时发现，这一标准基因组并不能全面代表中国西部本土黄牛的遗传特征。作为南方与北方黄牛的“过渡型”，固原黄牛长期缺乏专属的高质量基因组。因此，无法精准挖掘固原黄牛“爬坡能力、耐粗饲、抗病性”的遗传特征，更难以在育种芯片中留住珍贵的“乡土基因”。面对这一空白，宁夏大学、西北农林科技大学、宁夏师范大学等单位组成研究团队，决定为固原黄牛绘制首张“全景基因组和结构变异图谱”。
研究团队首先采集固原市35.34°N、105.28°E的一头成年固原黄牛公牛颈静脉血，用CTAB-QIAGEN法提取超高分子量DNA；随后利用PacBio Sequel II平台HiFi模式产出91.15 Gb读长（QV 70.99，准确率>99.99%），结合hifiasm+RagTag流程，将725条contig（contig N50 85.27 Mb）锚定到30条染色体，得到2.86 Gb无冗余组装Guyuan_Btau_1.0，其中16条染色体实现“零缺口”。BUSCO评估显示单拷贝同源基因完整度94.00%，Compleasm达98.67%，蛋白编码基因成功迁移98.96%，重复序列占比47.09%。
为捕捉可能影响固原黄牛性状的“大片段”遗传变异，研究团队进一步对来自同一区域的10头固原黄牛公牛开展Oxford Nanopore全基因组测序。通过长读长技术，共检测到65,273个结构变异（SV），累计长度达40.37Mb；其中有4,849个结构变异在10头牛中共享，总长度达3.15Mb。基于这些共享SV，研究团队重点筛选并可视化验证了一个位于IGF2BP2基因第二内含子的1,290bp缺失突变，相较国际参考基因组ARS-UCD1.2在固原黄牛中表现出一致性。该缺失位点与代谢调控密切相关，为解析固原黄牛适应性与生产性状的遗传基础提供了重要线索。
原文链接：//www.nature.com/articles/s41597-025-06120-3
